就业三方协议在保护毕业生和用人单位权益的同时，也存在一些潜在的坏处和风险，主要包括：

1. 限制就业灵活性：一旦签订三方协议，毕业生在一定期限内（通常为一年）不能轻易违约，否则将面临支付违约金等责任。这可能会限制毕业生在就业市场上的灵活性和选择权，特别是在发现更合适的工作机会时。

2. 违约成本和风险：如果毕业生因某种原因需要解除协议，除了可能需要支付违约金外，还可能影响个人诚信记录，对未来求职、升学等造成负面影响。

3. 职业发展的不确定性：虽然三方协议确定了毕业生的初步就业方向，但并不能保证职业发展的顺利。用人单位在签订协议时做出的承诺可能未能兑现，导致毕业生在职业发展上遇到困难。

4. 可能影响应届生身份：在某些地区，过早签订三方协议可能影响毕业生享受一些针对应届生的政策优惠，如某些事业单位招聘的应届生身份限制等。

5. 法律责任风险：如果协议条款存在不合理或不合法之处，毕业生可能在后续履行过程中面临法律纠纷，需要承担相应的法律责任和经济损失。

6. 经济压力：如果毕业生违约，可能需要支付违约金，这可能会给毕业生带来一定的经济压力，尤其是在刚毕业、经济基础较薄弱的情况下。

7. 社保和劳动保护缺失：在三方协议失效而劳动合同尚未签订的空窗期，毕业生可能面临社会保障权利的缺失，无法享受医疗保障、工伤保障等劳动保护。

8. 影响人际关系和学校声誉：毕业生违约可能会影响到与原单位的关系，甚至可能引发纠纷。同时，毕业生违约也可能被视为学校管理不严，影响学校与用人单位的长期合作关系，对学校及未来毕业生的就业环境产生不利影响。

综上所述，毕业生在签订三方协议前应慎重考虑，充分了解用人单位和协议条款，确保自身权益不受损害。如果对协议内容有疑问或不确定的地方，应及时与用人单位沟通协商或寻求专业法律意见。